در چنین روزی در سال 1357 ه ش و با صدور حکمی از سوی حضرت امام خمینی ره خطاب به شورای انقلاب ، بنیاد جانبازان و مستضعفان تاسیس شد . به موجب فرمان امام خمینی ره شورای انقلاب مامور شد با استفاده از توان بنیاد مستضعفان و جانبازان که به طور نامحدود تاسیس شده بود ، تمامی اموال منقول و غیر منقول دودمان پهلوی را که از بیت المال به دست آمده بود به نفع مستمندان ، کارگران و کارمندان ضعیف مصادره نمایند . شورای انقلاب در بیست و یکم اسفند سال 1357 چنین بیانیه ای را صادر کرد : « در پی صدور فرمان امام خمینی رهبر انقلاب اسلامی در باره مصادره اموال منقول و غیر منقول خاندان پهلوی و کارگردانان اصلی رژیم پیشین و صرف آن در امور رفاهی مستضعفان و محرومان ، شورای انقلاب اسلامی اقدام به ایجاد موسسه ای به نام بنیاد مستضعفان کرده است . وظیفه این بنیاد شناسایی و ضبط این اموال اعم از املاک و سپرده های بانکی و پول نقد و غیره و ایجاد واحدهای مسکونی برای محرومان است .
نخسستین اساسنامه بنیاد مستضعفان مشتمل بر 25 ماده است که در گردهمایی هفتم تیر 1358 مجمع عمومی موسسان تصویب گردید و شورای انقلاب نیز آن را تایید نمود . حضرات آیات خامنه ای ( رهبر معظم انقلاب ) ، شهید بهشتی ، هاشمی رفسنجانی ، موسوی اردبیلی و آقایان علی اصغر مسعودی ، مهندس سحابی و احمد جلالی از نخستین اعضا هیات موسس این بنیاد بودند . با تصویب هیات موسسان مهندس علینقی خاموشی به ریاست بنیاد منصوب شد . امام خمینی ره در بیست و ششم شهریور 1359 طی حکمی آقای رجایی نخست وزیر وقت را به عنوان نماینده خویش در این بنیاد مامور رسیدگی به امور کردند . حکم امام خمینی ره به این شرح است :
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب آقای رجایی ، نخست وزیر ایده الله تعالی ،
چون وضع بنیاد مستضعفین موجب نگرانی این جانب است و مسایل آن پیچیده است ، لازم است جنابعالی امور بنیاد را در دست گرفته و تحت نظر اشخاص متدین کاردان آن را به نفع مستضعفین اداره نمایید . اطلاعات لازم را می توانید از هیاتی که اینجانب معین نمودم به دست آورید . انشاء الله تعالی موفق در خدمت به اسلام ومسلمین به خصوص مستضعفین باشید .
والسلام علیکم ورحمه الله و برکاته
روح الله الموسوی الخمینی
پس از شهید رجایی آقای میر حسین موسوی به ریاست بنیاد رسید و پس از وی آقای رفیقدوست ریاست بنیاد را عهده دار شد .
